Die Beteiligung der EU erfolgt in Form von Finanzhilfen. Mit den Investitionen sollen zusätzliche öffentliche und private Kofinanzierungsmittel mobilisiert werden. Die EU-Kommission beziffert dadurch das Gesamtvolumen der zweiten Tranche auf 9,6 Milliarden Euro. Der Kofinanzierungssatz beträgt dabei je nach Art des Projekts 20 bis 85 Prozent der förderfähigen Kosten. Der Nachteil dieses Modells ist, dass durch die Hürde der privaten Kofinanzierung, keine staatlichen Verkehrsprojekte Chancen auf die Finanzhilfen haben.
Neben dem Zusammenwachsen der Mitgliedsstaaten soll die CEF-Finanzspritze vor allem Arbeitsplätze schaffen und das Wachstum in der EU ankurbeln – die EU-Kommission hofft auf 100.000 zusätzliche Jobs.
Auch Deutschland profitiert von den CEF-Finanzhilfen. 47 Projektvorschläge gingen diesmal bei der EU-Kommission ein, neun nationale und elf grenzüberschreitende Verkehrsprojekte mit einem Gesamtvolumen von 189,2 Millionen Euro haben den Zuschlag erhalten. Flossen mit der ersten Tranche 2015 rund 1,6 Milliarden Euro in deutsche Schienenprojekte, sind es in diesem Jahr jedoch lediglich 33 Millionen Euro.
Neue Schienenstrecken sollen die Erreichbarkeit des Regensburger Hafens und des Hauptbahnhofs verbessern. Die EU-Kommission fördert den Bau und die Elektrifizierung sowie den Ausbau von Kreuzungen. Regensburg liegt am TEN Korridor Rhein-Donau, der Haupt-West-Ost-Route zwischen Frankreich, Deutschland, Österreich, der Tschechischen Republik, der Slowakei, Ungarn, Rumänien und Bulgarien. Auch mit dieser Maßnahme will die EU-Kommission die Verlagerung des Güterverkehrs befördern.
33 Lokomotiven aus sechs EU Ländern – darunter Deutschland – sollen mit dem Zugleitsystem Baseline 3 nachgerüstet werden. Außerdem unterstützt die EU-Kommission die Entwicklung von Zugleitsystem-Prototypen für vier weitere Lokomotivmodelle. Mit der Modernisierung sollen Komptabilität und Wettbewerbsfähigkeit im grenzüberschreitenden Verkehr gesteigert werden.
258 Schienenkilometer werden mit dem Zugleitsystem ETCS nachgerüstet. Dabei handelt es sich um grenzüberschreitende Routen zwischen Deutschland, Dänemark, Polen, Belgien, den Niederlanden, Frankreich, der Tschechischen Republik und Österreich. Weitere Strecken werden im Hinblick auf die Nachrüstung mit ECTS geprüft.
Mit dem Gesamtprojekt Erdinger Ringschluss soll eine Verbesserung der Schienenanbindung des Münchner Flughafens mit dem bayrischen Schienennetz erreicht werden. Die EU-Kommission stellt Mittel aus CEF für die Erstellung einer Studie zur Verfügung, die Potentiale und Realisierungsmöglichkeiten einer neuen Zugverbindung zum Flughafen München.
Aufsetzend auf der Studie „CODE24 – Corridor 24 Development Rotterdam Genova“ finanziert die EU-Kommission eine weitere Untersuchung des TEN Rhein-Alpen-Korridors. Diese Route ist eine der am stärksten genutzten Güterverkehrsstrecken Europas und verbindet die Häfen Rotterdam und Antwerpen mit dem Mittelmeerhafen Genua. Entlang des Rhein-Alpen-Korridors liegen in Deutschland u.a. die Wirtschaftsregionen Rhein-Ruhr und Rhein-Main-Neckar. Untersucht werden Ausbaupotentiale der Strecke, die ohne große Baumaßnahmen auskommen und keinerlei Auswirkungen auf die Umwelt haben werden.